Halikarnassos en parlak devrini M.Ö. 353 yılında Karya bölgesinin başkenti olunca yaşamıştır. Dünyanın yedi harikasından biri olan Mausoleum bu dönemde Kral Mausolos'un anısına kızkardeşi ve aynı zamanda karısı olan Artemisia tarafından yaptırılmıştır.
Bodrum M.Ö. 192 Romalıların eline geçmiş ancak bu dönemde önemli bir gelişme göstermemiştir. M.S. 395 yılında Bizaslıların, M.S. XI yüzyılda Türklerin eline geçmiştir. I. Haçlı savaşlarında Bizanslıların, XIV. yüzyılda tekrar Türklerin eline geçmiştir. 1415 yılında Rodos Şövalyelerinin eline geçmiştir. 1522 yılında Kanuni Sultan Süleyman döneminde tekrar Osmanlı İmparatorluğuna katılmıştır.
Cumhuriyetin ilanından sonra adı Bodrum olarak değiştirilmiştir.
Padişah II. Abdülhamit zamanında bir hapishane olarak kullanılmıştır. En ünlü kalebent, Halikarnas Balıkçısı olarak tanınan Cevat Şakir Kabaağaçlı'dır. Kale 1915 Fransız bombardımanından sonra terk edilmiştir.
Serçe Limanı Cam Batığı Salonunda, 1025 yılında batan teknenin kendisi sergilenir. Bu tekneden 3 ton kırık ve sağlam cam çıkarılmıştır. Dünyanın en büyük İslam cam kolleksiyonu burada sergilenmektedir.
Fransız kulesinin hemen yanındaki Baltalı kulede Büyük İskender'in manevi annesi , Satrap Mavzolos'un kızkardeşi olan Karya'yı M.Ö. 344 - 341 yıllarında yöneten Karya Kraliçesi Ada'nın mezar buluntuları sergilenmektedir. Kraliçe Ada'nın kafası İngiltere'de Manchester Üniversitesi, Tıpta Sanat bölümünde etlendirilmiştir. Kraliçe Ada'nın mankeni bir niş'de ayakta durur vaziyette sergilenmektedir.
Bu eser İon düzeninde 36 sütünun süslediği orijinali 46 metre yüksekliğinde olan ve tepesinde bir zafer arabası bulunan 21 basamaklı bir piramidin taçlandırdığı dev bir anıt mezardır.
M.S. 13 yüzyıla kadar korunan antik mezar önce bir depremle yıkılmış daha sonrada taşları Bodrum Kalesinin yapımında kullanılmıştır. Ayrıca bu mezara ait birçok kabartma ve heykeller 1856 yılında İngiliz Arkeolog C. Newton tarafından British Museum'a götürülmüştür. Bu yüzden bu anıta ait eserlerin çoğu British Museum'da, ancak çok az bir kısmı Bodrum'da sergilenmektedir.
1973 yılında yapılan kazılardan sonra açık hava müzesi olarak düzenlenmiştir.
Büyük İskender şehri kuşatmaya M.Ö.333 yılında bu kapıdan girmiştir. Çok zorlu bir direnişten sonra şehri fethetmiş ve Mausoleum hariç tüm şehri tahrip etmiştir.